CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy ad 5

Związek między ekspresją CDX2 a przeżyciem wolnym od choroby w zestawie danych NCBI-GEO Discovery. Analiza ekspresji mRNA RNA CDX2 w zbiorze danych NCBI-GEO ujawniła obecność podgrupy mniejszości z dwukropkiem ujemnym względem CDX2 raki, które charakteryzowały się wysokimi poziomami ekspresji mRNA ALCAM (Panel A) i które były związane z niższym odsetkiem 5-letniego przeżycia wolnego od choroby niż nowotwory okrężnicy dodatnie pod względem CDX2 (Panel B). W panelu A każde kółko na wykresie rozproszenia reprezentuje jedną próbkę pacjenta. Związek pomiędzy nowotworami ujemnymi pod względem CDX2 i niższym odsetkiem przeżycia wolnego od choroby pozostawał znaczący w analizie wieloczynnikowej, która wykluczała stadium nowotworu, stopień nowotworu, wiek i płeć jako zmienne zakłócające (panel C). Aby ocenić związek pomiędzy ekspresją CDX2 a przeżyciem wolnym od choroby u pacjentów w zbiorze danych NCBI-GEO Discovery, użyliśmy algorytmu StepMiner do stratyfikacji populacji 466 pacjentów do podgrupy z negatywnymi CDX2 i CDX2, a następnie do Kaplan-Meier krzywe, aby porównać przeżycie wolne od choroby w dwóch podgrupach (ryc. 2). Analiza wykazała, że wskaźnik 5-letniego przeżycia wolnego od choroby był niższy wśród 32 pacjentów (6,9%) z guzami ujemnymi pod względem CDX2 niż wśród 434 (93,1%) z nowotworami CDX2-pozytywnymi (41% w porównaniu z 74%, P <0,001). Continue reading „CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy ad 5”

CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy czesc 4

Związek między ekspresją CDX2 a wynikami przeżycia został przetestowany przez trzeciego badacza, który nie uczestniczył w procesie oceniania. Analiza statystyczna
Podgrupy pacjentów porównano pod kątem wyników przeżycia za pomocą krzywych Kaplana-Meiera, testów logarytmicznych i analiz wieloczynnikowych w oparciu o metodę proporcjonalnych hazardów Coxa. Różnice w częstości występowania raków ujemnych względem CDX2 w różnych podgrupach porównano z użyciem testu chi-kwadrat Pearsona i obliczenia ilorazów szans wraz z ich 95% przedziałami ufności. Interakcje między biomarkerem (stanem CDX2) a chemioterapią adiuwantową oceniano przy użyciu metody proporcjonalnych hazardów Coxa w układzie czynnikowym 2 na 2 (tj. Przez testowanie pod kątem obecności czynnika interakcji między stopami hazardu dwie zmienne).
Wyniki
Identyfikacja CDX2
Pierwszym celem tego badania było zidentyfikowanie nadającego się do działania biomarkera źle zróżnicowanych raków okrężnicy (tj. Guzów zubożonych dojrzałych komórek nabłonka okrężnicy). Continue reading „CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy czesc 4”

CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy cd

Ten zestaw danych uzyskaliśmy przez połączenie czterech zestawów danych NCBI-GEO (GSE14333, GSE17538, GSE31595 i GSE37892) (ryc. S6 w Uzupełniającym dodatku 1) .12,13,26,27 Pacjentów podzielono na wartości ujemne do niskich ( ujemne) i wysokie (pozytywne) podgrupy pod względem poziomów ekspresji genu CDX2 i ALCAM z wykorzystaniem algorytmu StepMiner, zaimplementowanego w oprogramowaniu Hegemon21 (ryc. S7 do S10 w Dodatkowym dodatku 1). Szczegółowy opis wszystkich procedur bioinformatycznych wykorzystanych w tym badaniu znajduje się w Dodatku Dodatku 1. Pełne listy wszystkich identyfikatorów numerów próbek NCBI-GEO poszczególnych eksperymentów z próbami ekspresji genów użytych do przeprowadzenia różnych testów podano w tabelach S1 poprzez S5 w Dodatku Dodatek 1, Dodatek dodatkowy 2, Dodatek dodatkowy 3, Dodatek dodatkowy 4 i Dodatek dodatkowy 5, odpowiednio.
Testowanie immunohistochemiczne
Zamknięte w formalinie skrawki tkanek zatopione w parafinie były barwione 4 mg na mililitr mysiego antyludzkiego przeciwciała monoklonalnego CDX2, które zostało wcześniej zatwierdzone do zastosowań diagnostycznych (klon CDX2-88, BioGenex) .28,29 Protokół barwienia został oparty na zaleceniach z nordyjskiej organizacji kontroli immunohistochemicznej (www.nordiqc.org), która sugeruje pobieranie antygenu indukowane ciepłem za pomocą buforu Tris i EDTA (pH 9,0) (Epitope Retrieval Solution pH 9, Leica) .30 Preparaty tkanek barwiono na automatyce Bond-Max barwnika (Leica), a wykrywanie antygenu wizualizowano za pomocą zestawu Bond Polymer Refine Detection (Leica).
Analiza mikromacierzy tkankowej
Mikromacierze tkankowe raka jelita grubego, w pełni opatrzone informacjami klinicznymi i patologicznymi, uzyskano z trzech niezależnych źródeł: 367 pacjentów w Programie Diagnozy Raka w National Cancer Institute (NCI-CDP), 1519 pacjentów w Ogólnousznym Projekcie Piersi i Łuku (NSABP) badanie C-07 (NSABP C-07) oraz 321 pacjentów w bazie danych Microtray Stanford (Stanford TMAD). Continue reading „CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy cd”

CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy ad

To podejście, którego celem było odkrycie genów regulowanych rozwojowo, 20,21, zostało użyte do identyfikacji genów z ekspresją w raku okrężnicy, który był negatywnie połączony z aktywowaną cząsteczką adhezyjną komórek leukocytów (ALCAM / CD166). Ten marker niedojrzałych komórek nabłonka okrężnicy preferencyjnie ulega ekspresji na dnie krypt okrężnicy 22, 23 oraz na ludzkich komórkach raka okrężnicy ze zwiększoną zdolnością nowotworową w modelach ksenotransplantacji myszy. Rysunek 1. Rysunek 1. Projekt badania. Baza danych zawierająca 2329 ludzkich macierzy ekspresji genów z 214 normalnych próbek tkanki okrężnicy i 2115 próbek tkanki raka jelita grubego została wydobyta w celu zidentyfikowania genów spełniających X-ujemny oznacza aktywowaną adhezję komórek leukocytów. molecule (ALCAM) -positive Implikacja logiczna. Continue reading „CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy ad”

CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy

Identyfikacja raka jelita grubego stopnia II wysokiego ryzyka jest kluczem do selekcji pacjentów, którzy wymagają leczenia adjuwantowego po operacji. Oparte na mikromacierzach sygnatury multigene-ekspresji pochodzące z komórek macierzystych i komórek progenitorowych są obiecujące, ale są trudne do zastosowania w praktyce klinicznej. Metody
Wykorzystaliśmy nowe podejście bioinformatyczne do poszukiwania biomarkerów różnicowania nabłonka okrężnicy w macierzach ekspresji genów, a następnie uszeregowano geny kandydujące zgodnie z dostępnością testów diagnostycznych o jakości klinicznej. Dzięki zastosowaniu analizy podgrup obejmującej niezależne i retrospektywne kohorty pacjentów z rakiem okrężnicy w stadium II lub III, gen będący najlepszym kandydatem testowano pod kątem jego związku z przeżyciem wolnym od choroby i korzyścią z chemioterapii adiuwantowej.
Wyniki
Czynnik transkrypcyjny CDX2 zajął pierwsze miejsce w naszym teście przesiewowym. Grupa 87 z 2115 próbek guza (4,1%) nie posiadała ekspresji CDX2. W zestawie danych o odkryciu, który obejmował 466 pacjentów, odsetek 5-letniego przeżycia bez choroby był niższy wśród 32 pacjentów (6,9%) z rakiem okrężnicy ujemnym pod względem CDX2 niż wśród 434 (93,1%) z okrężnicą dodatnią pod względem CDX2 nowotwory (współczynnik ryzyka nawrotu choroby, 3,44; przedział ufności 95% [CI], 1,60 do 7,38; P = 0,002). Continue reading „CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy”

Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 12

U około połowy pacjentów, których można było ocenić we włoskim badaniu, komórki te wykazywały trwałą ekspresję fosforylowanego ERK pomimo przedłużonej ciągłej ekspozycji na wemurafenib, co wydaje się korelować z większym obciążeniem resztkową białaczką i krótszym czasem przeżycia bez progresji. To odkrycie sugeruje, że u przynajmniej niektórych pacjentów komórki białaczkowe opracowują alternatywne mechanizmy reaktywowania MEK i ERK w celu ominięcia blokady BRAF. Badania in vitro przeprowadzone przez grupę włoską sugerują, że mikrośrodowisko szpiku kostnego może przeciwstawiać się defosforylacji i apoptozie wywołanej wemurafenibem16. Zaproponowano38, że gdy komórki owłosione przechodzą przez bogatą w witronektynę maskę śledzionową, otrzymują one sygnały proapoptotyczne, w których pośredniczy witronektyna, są stransdukowane przez aktywację kinazy p38 i Jun-N terminalnej (JNK), ale są przezwyciężane przez współistniejące sygnały antyapoptotyczne z konstytutywnej aktywacji MEK i ERK. Stwierdziliśmy, że wcześniejsza splenektomia wydaje się być związana z krótszym czasem odpowiedzi. W związku z tym brak recyrkulacji owłosionej komórki przez śledzionę, prowadzący do ciągłego naprowadzania do ochronnego mikrośrodowiska szpiku kostnego, może sprzyjać utrzymywaniu się fosforylacji ERK w komórkach białaczkowych pod koniec leczenia – cecha, która jest prawdopodobnie powiązana z krótszy czas odpowiedzi. Ponadto, dwie aktywujące mutacje KRAS rozwinęły się u jednego pacjenta w amerykańskim badaniu, u którego wystąpił nawrót, który prawdopodobnie przyczynił się do progresji choroby podczas ponownego leczenia wemurafenibem. Continue reading „Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 12”

Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 11

Panel B pokazuje mutacje somatyczne, które zidentyfikowano w PBMC po 0, 120 i 260 dniach leczenia wemurafenibem. Częstotliwość allelu wariantowego jest pokazana dla mutacji obserwowanych w każdym punkcie czasowym. Panel C pokazuje procent komórek HCL we krwi obwodowej (lewa oś) i całkowitą liczbę białych krwinek (prawą oś) u tego pacjenta. Zacienione obszary oznaczają okresy leczenia wemurafenibem i ponownego leczenia. Przerywane linie na dole wykresu wskazują górną i dolną granicę normalnej liczby białych komórek. W jednym z pacjentów w badaniu US, u którego wystąpiła choroba oporna na leczenie wemurafenibem, ukierunkowane sekwencjonowanie 300 genów (Tabela S6 w Dodatku Uzupełniającym) zidentyfikowało dwie oddzielne mutacje aktywujące subklonalne KRAS (wraz z nową mutacją RUNX1) w momencie nawrotu choroby po początkowym leczeniu wemurafenibem, oprócz nawrotu mutacji BRAF V600E. Modyfikacje KRAS nie były widoczne przed leczeniem wemurafenibem lub w remisji (dzień 120), pomimo wysokiego zasięgu sekwencyjnego KRAS (zakres od 496 × do 1165 ×) (rysunek 4B i tabela S5 w dodatkowym dodatku). Continue reading „Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 11”

Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 10

U 7 z 13 pacjentów (2 pacjentów z całkowitą odpowiedzią i 5 z częściową odpowiedzią po 12 do 20 tygodniach leczenia) resztkowe komórki białaczkowe nie wykryły w sposób wykrywalny ufosforylowanego ERK (Figura 3C). W analizie rozpoznawczej post hoc mediana przeżycia wolnego od progresji wynosiła 8 miesięcy (zakres od 5 do 13) u pacjentów z pozostałymi ufosforylowanymi komórkami białaczkowymi ERK-dodatnimi i 13 miesięcy (zakres od 8 do 24) u pacjentów bez takich komórek (ryzyko współczynnik postępu choroby, 10,33; 95% CI, 2,10 do 50,81; P = 0,004). Rezydualna choroba mierzona wskaźnikiem owłosionej owłosienia (w zakresie od 0 do 1, z wyższymi wartościami wskazującymi na większą infiltrację białaczki) była wyższa u pacjentów z przetrwałym fosforylowanym ERK w komórkach białaczkowych niż u pacjentów z niewykrywalną ekspresją fosforylowanej ERK w komórkach białaczkowych (średnia Wskaźnik Włochatych Komórek, 0,139 vs. 0,054, P = 0,03 w dwustronnym teście Manna-Whitneya). Tak więc, utrzymująca się fosforylacja ERK w resztkowych komórkach włochatych na końcu leczenia może wskazywać na większe obciążenie resztkową chorobą i krótsze przeżycie wolne od progresji, co sugeruje, że reaktywacja MEK i ERK jest mechanizmem oporności na wemurafenib.
W amerykańskim badaniu, przed leczeniem wemurafenibem, średni procent komórek białaczkowych w PBMC i jednojądrzastych komórkach szpiku kostnego, ocenionych za pomocą cytometrii przepływowej, wynosił odpowiednio 16,0% i 16,8%. Wartości te zmniejszyły się odpowiednio do 3,4% i 6,9% po 4 tygodniach leczenia (Figura 2C) oraz odpowiednio do 0,7% i 4,2% po 12 tygodniach (P <0,05 dla wszystkich porównań). Continue reading „Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 10”

Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 9

Do działań niepożądanych prowadzących do modyfikacji dawkowania należały bóle stawów (u 5 pacjentów), wysypka (w 5), nadwrażliwość na światło (w 1), neutropenia (w 1) oraz zwiększenie aktywności aminotransferazy asparaginianowej lub alaninowej (w 1). Analizy farmakodynamiczne i mechanizmy oporności
Rycina 3. Rycina 3. Zmiany fenotypowe i molekularne komórek HCL podczas leczenia wemurafenibem w teście włoskim.Panel A pokazuje wykresy punktowe cytometrii przepływowej aspiratu szpiku kostnego pacjenta, który był bramkowany na komórkach CD45. Na początku, CD25 ulegało ekspresji w 94% komórek białaczkowych (górny rząd, CD19 + i CD103 +, dolny rząd, CD19 + i CD25 +). Progresywna utrata ekspresji CD25 (ale nie ekspresji CD19 lub CD103) obserwowana jest w okresach leczenia 7 dni i 14 dni (spada do 21% po 7 dniach i 12% po 14 dniach). Pozostałe komórki (czerwone kropki) są normalnymi komórkami hematopoetycznymi CD45 +. Continue reading „Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 9”

Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 8

W badaniu przeprowadzonym w Stanach Zjednoczonych, wśród osób, które przeżyły w chwili odcięcia danych, mediana okresu obserwacji po pierwszej dawce wemurafenibu wynosiła 11,7 miesięcy (zakres od 1,3 do 25,4). Po roku stopa przeżycia wolnego od progresji wynosiła 73% (95% CI, od 55 do 97), a wskaźnik przeżycia całkowitego wynosił 91% (95% CI, 79 do 99) (Figura 2B). Postęp choroby wystąpił u 7 z 24 pacjentów (29%), w tym u 3 pacjentów, którzy mieli pełną odpowiedź, oraz u 4 pacjentów, u których wystąpiła częściowa odpowiedź (tabela S2 w dodatkowym dodatku). Po roku od odpowiedzi skumulowana częstość nawrotów wyniosła 27% (95% CI, 7 do 51). W obu badaniach leczenie wemurafenibem w momencie nawrotu wywołało pewne reakcje (patrz Dodatek dodatkowy).
Zdarzenia niepożądane
Tabela 2. Tabela 2. Continue reading „Kierowanie na mutanta BRAF w nawrotowej lub opornej na leczenie białaczce włochatokomórkowej ad 8”