Oszacowanie dawki warfaryny z danymi klinicznymi i farmakogenetycznymi cd

Próbki DNA, które zostały użyte do kontroli jakości, zostały genotypowane dla dwóch polimorfizmów w CYP2C9 (* 2 = rs1799853 i * 3 = rs1057910) i siedmiu SNP w VKORC1 (-1639 G . A = rs9923231, 1173 C . T = rs9934438, 497 T . G = rs2884737, 1542 G . C = rs8050894, 3730 G . A = rs7294, 2255 C . T = rs2359612, -4451C . A = rs17880887). CYP2C9 * 2 i * 3 oraz VKORC1 rs9923231 genotypowano za pomocą testu dyskryminacji allelicznej TaqMan (Applied Biosystems), podczas gdy pozostałe SNP VKORC1 genotypowano za pomocą spektrometrii masowej z zastosowaniem MassARRAY (Sequenom). Obie metody zostały wcześniej zweryfikowane w National Genotyping Center przy użyciu bezpośredniego sekwencjonowania i denaturacji wysokosprawnej chromatografii cieczowej ze 100% zgodnością na 200 próbkach. Pełny zestaw danych genotypów i zmiennych klinicznych, a także pełne dane kontroli jakości genotypu są dostępne dla zarejestrowanych użytkowników PharmGKB na stronie www.pharmgkb.org (pełny numer dostępu do zestawu danych, PA162355460). Analiza statystyczna
Losowo wybraliśmy 80% kwalifikujących się pacjentów (stratyfikacja według miejsca, w sumie 4043 pacjentów, którzy mieli stabilną dawkę warfaryny i docelowy INR 2 do 3) jako kohorty derywacyjnej dla opracowania wszystkich przewidywań dawki modele. Pozostałe 20% pacjentów (1009 pacjentów, ze wszystkich 21 miejsc) stanowiło kohortę walidacyjną , która została wykorzystana do testowania ostatecznego wybranego modelu. Badacze, którzy przeprowadzili modelowanie i analizę, nie mieli dostępu do tego zestawu walidacji, dopóki nie wybrano ostatecznego modelu. Zastosowano wiele różnych metod modelowania numerycznego dla danych z kohorty derywacyjnej, w tym, ale nie wyłącznie, regresji wektora nośnego, drzew regresji, drzew modeli, wielowymiarowych regresji regresji adaptacyjnej, regresji najmniejszego kąta i Lasso, oprócz zwykła regresja liniowa. Analizowano logarytmiczne i kwadratowe transformacje dawek, a także bezpośrednie przewidywanie dawki. Dalsze szczegóły metod modelowania statystycznego, które zostały przetestowane, oraz metody oceny zastosowane do wyboru najlepszego modelu z kohorty derywacyjnej zostały opisane w Rozdziale 3 Dodatku Uzupełniającego 1.
Brakujące wartości dla VKORC1 SNP rs9923231 zostały przypisane na podstawie rasy i na podstawie danych SNP VKORC1 w rs2359612, rs9934438 lub rs8050894 (patrz sekcja 4 w Dodatku 1). Jeżeli genotypu VKORC1 nie można było przypisać, był on traktowany jako brakujący (zmienna odrębna) w modelu.
Średni błąd bezwzględny – to znaczy średnia z bezwzględnych wartości różnicy między przewidywaną i rzeczywistą dawką podtrzymującą – został wykorzystany do oceny dokładności predykcyjnej każdego modelu. W przypadku modeli opracowanych z wykorzystaniem danych przekształconych, średni błąd bezwzględny został obliczony w oryginalnych jednostkach, a nie w przekształconych jednostkach, aby umożliwić rzetelne porównanie wszystkich modeli. Wybraliśmy ostateczny model jako taki, który miał najniższy przewidujący średni błąd bezwzględny, oszacowany przez dziesięciokrotną walidację krzyżową na kohorcie derywacyjnej (szczegółowo w sekcji 3 w Dodatku 1). Korzystając z zestawu danych walidacyjnych, porównaliśmy przewidywania dotyczące dawek z modelu farmakogenetycznego z modelami z dwóch innych modeli: model kliniczny, który nie zawierał czynników genetycznych i model z ustaloną dawką 5 mg warfaryny dziennie
[podobne: najrzadsze choroby genetyczne, test woronowicza, depilacja laserowa ceny ]

Powiązane tematy z artykułem: depilacja laserowa ceny najrzadsze choroby genetyczne test woronowicza