CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy czesc 4

Związek między ekspresją CDX2 a wynikami przeżycia został przetestowany przez trzeciego badacza, który nie uczestniczył w procesie oceniania. Analiza statystyczna
Podgrupy pacjentów porównano pod kątem wyników przeżycia za pomocą krzywych Kaplana-Meiera, testów logarytmicznych i analiz wieloczynnikowych w oparciu o metodę proporcjonalnych hazardów Coxa. Różnice w częstości występowania raków ujemnych względem CDX2 w różnych podgrupach porównano z użyciem testu chi-kwadrat Pearsona i obliczenia ilorazów szans wraz z ich 95% przedziałami ufności. Interakcje między biomarkerem (stanem CDX2) a chemioterapią adiuwantową oceniano przy użyciu metody proporcjonalnych hazardów Coxa w układzie czynnikowym 2 na 2 (tj. Przez testowanie pod kątem obecności czynnika interakcji między stopami hazardu dwie zmienne).
Wyniki
Identyfikacja CDX2
Pierwszym celem tego badania było zidentyfikowanie nadającego się do działania biomarkera źle zróżnicowanych raków okrężnicy (tj. Guzów zubożonych dojrzałych komórek nabłonka okrężnicy). Czynny biomarker to taki, dla którego opracowano już test diagnostyczny o jakości klinicznej. Używając algorytmu oprogramowania zaprojektowanego do odkrywania genów ze wzorami ekspresji, które są powiązane przez relacje Boolean (BooleanNet), 20 wydobyliśmy bazę danych eksperymentów z 2329 ludzkimi eksperymentami z genem ekspresji okrężnicy, poszukując genów spełniających X-negative implikuje ALCAM pozytywny Implikacja logiczna (tj. geny z ekspresją, która była jednocześnie nieobecna tylko w nowotworach z dodatnim ALCAM i zawsze obecna w guzach z ujemnym mianem ALCAM) (ryc. S2 w dodatku uzupełniającym 1).
Poszukiwania doprowadziły do identyfikacji 16 genów kandydujących (ryc. S3 w Suplemencie Dodatkowym 1). Spośród tych genów tylko gen zakodował białko, które można zbadać za pomocą analizy immunohistochemicznej za pomocą testu diagnostycznego o jakości klinicznej: czynnik transkrypcyjny homeobox CDX2.28,29,31 CDX2 jest głównym regulatorem rozwoju jelit i onkogeneza, 32,33 i jej ekspresja jest wysoce specyficzna dla nabłonka jelita.29 Rak jelita grubego bez ekspresji CDX2 często wiąże się ze zwiększonym prawdopodobieństwem agresywnych cech, takich jak zaawansowany etap, słabe różnicowanie, inwazja naczyń, mutacja BRAF i wyspa CpG fenotyp metylatora (CIMP) .34-39
Szczegółowa analiza związku ekspresji genów między CDX2 i ALCAM potwierdziła istnienie trzech grup ekspresji genów: CDX2-ujemnych i ALCAM-dodatnich, CDX2-dodatnich i ALCAM-dodatnich oraz CDX2-dodatnich i ALCAM-ujemnych (ryc. S2 w Uzupełniającym dodatku 1). Brak ekspresji CDX2 był ograniczony do małej podgrupy 87 z 2115 raków jelita grubego (4,1%). Ta podgrupa charakteryzowała się wysokim poziomem ekspresji ALCAM (ryc. S3 w dodatkowym dodatku 1) i tylko częściowe pokrywanie się z guzami określonymi przez niestabilność mikrosatelitarną lub mutacje TP53 (ryc. S4 i S5 w dodatkowym dodatku 1). W związku z tym przystąpiliśmy do oceny związku między ekspresją CDX2 a przeżyciem wolnym od choroby w dwóch niezależnych zestawach danych pacjenta: zestaw danych wykrywania NCBI-GEO i zestaw danych walidacyjnych NCI-CDP.
Ekspresja CDX2 i przeżycie wolne od choroby w zestawie danych NCBI-GEO Discovery
Rysunek 2
[podobne: adapalen, laserowe obkurczanie pochwy, nutraceutyki ]

Powiązane tematy z artykułem: adapalen laserowe obkurczanie pochwy nutraceutyki