CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy cd

Ten zestaw danych uzyskaliśmy przez połączenie czterech zestawów danych NCBI-GEO (GSE14333, GSE17538, GSE31595 i GSE37892) (ryc. S6 w Uzupełniającym dodatku 1) .12,13,26,27 Pacjentów podzielono na wartości ujemne do niskich ( ujemne) i wysokie (pozytywne) podgrupy pod względem poziomów ekspresji genu CDX2 i ALCAM z wykorzystaniem algorytmu StepMiner, zaimplementowanego w oprogramowaniu Hegemon21 (ryc. S7 do S10 w Dodatkowym dodatku 1). Szczegółowy opis wszystkich procedur bioinformatycznych wykorzystanych w tym badaniu znajduje się w Dodatku Dodatku 1. Pełne listy wszystkich identyfikatorów numerów próbek NCBI-GEO poszczególnych eksperymentów z próbami ekspresji genów użytych do przeprowadzenia różnych testów podano w tabelach S1 poprzez S5 w Dodatku Dodatek 1, Dodatek dodatkowy 2, Dodatek dodatkowy 3, Dodatek dodatkowy 4 i Dodatek dodatkowy 5, odpowiednio.
Testowanie immunohistochemiczne
Zamknięte w formalinie skrawki tkanek zatopione w parafinie były barwione 4 mg na mililitr mysiego antyludzkiego przeciwciała monoklonalnego CDX2, które zostało wcześniej zatwierdzone do zastosowań diagnostycznych (klon CDX2-88, BioGenex) .28,29 Protokół barwienia został oparty na zaleceniach z nordyjskiej organizacji kontroli immunohistochemicznej (www.nordiqc.org), która sugeruje pobieranie antygenu indukowane ciepłem za pomocą buforu Tris i EDTA (pH 9,0) (Epitope Retrieval Solution pH 9, Leica) .30 Preparaty tkanek barwiono na automatyce Bond-Max barwnika (Leica), a wykrywanie antygenu wizualizowano za pomocą zestawu Bond Polymer Refine Detection (Leica).
Analiza mikromacierzy tkankowej
Mikromacierze tkankowe raka jelita grubego, w pełni opatrzone informacjami klinicznymi i patologicznymi, uzyskano z trzech niezależnych źródeł: 367 pacjentów w Programie Diagnozy Raka w National Cancer Institute (NCI-CDP), 1519 pacjentów w Ogólnousznym Projekcie Piersi i Łuku (NSABP) badanie C-07 (NSABP C-07) oraz 321 pacjentów w bazie danych Microtray Stanford (Stanford TMAD). Szczegółowy opis kohort pacjentów reprezentowanych w każdej mikromacierze tkankowej i systemie oceniania stosowanym do oceny ekspresji CDX2 przedstawiono na Figurach od S11 do S14 w Dodatkowym dodatku 1.
Wszystkie mikromacierze tkankowe oceniano pod kątem ekspresji CDX2 w ślepy sposób. W przypadkach, w których mikromacierze tkankowe zawierały dwa rdzenie tkanek dla pacjenta (tj. Dwie próbki z różnych obszarów tego samego guza), dwa rdzenie oceniano niezależnie i parowano na końcu. Jeśli wyniki dla dwóch próbek były niezgodne, ostateczny wynik dla guza został podniesiony do wyższej oceny. Wszystkie nowotwory, w których złośliwy składnik nabłonkowy wykazywał rozległą ekspresję jądra CDX2 we wszystkich lub w większości komórek nowotworowych, oceniono jako CDX2-dodatnie. Wszystkie nowotwory, w których złośliwy składnik nabłonkowy albo całkowicie nie wykazywał ekspresji CDX2, albo wykazywał słabą ekspresję jądrową w mniejszości złośliwych komórek nabłonkowych, oceniono jako ujemne względem CDX2.
Zgodność wyników punktacji uzyskanych przez dwóch niezależnych badaczy została oceniona przy użyciu tabel kontyngencji i obliczenia wskaźników kappa Cohena (ryc.
[patrz też: wagi apteczne, hologramy na legitymację studencką, leczenie chrapania warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: hologramy na legitymację studencką leczenie chrapania warszawa wagi apteczne