CDX2 jako prognostyczny biomarker w stadium II i III etapie raka okrężnicy ad

To podejście, którego celem było odkrycie genów regulowanych rozwojowo, 20,21, zostało użyte do identyfikacji genów z ekspresją w raku okrężnicy, który był negatywnie połączony z aktywowaną cząsteczką adhezyjną komórek leukocytów (ALCAM / CD166). Ten marker niedojrzałych komórek nabłonka okrężnicy preferencyjnie ulega ekspresji na dnie krypt okrężnicy 22, 23 oraz na ludzkich komórkach raka okrężnicy ze zwiększoną zdolnością nowotworową w modelach ksenotransplantacji myszy. Rysunek 1. Rysunek 1. Projekt badania. Baza danych zawierająca 2329 ludzkich macierzy ekspresji genów z 214 normalnych próbek tkanki okrężnicy i 2115 próbek tkanki raka jelita grubego została wydobyta w celu zidentyfikowania genów spełniających X-ujemny oznacza aktywowaną adhezję komórek leukocytów. molecule (ALCAM) -positive Implikacja logiczna. Poszukiwania dały 16 potencjalnych genów, z których tylko (CDX2) zakodowano dla biomarkera przydatnego klinicznie. Związek między ekspresją CDX2 a przeżyciem wolnym od choroby został przetestowany w dwóch niezależnych kohortach pacjentów: zestaw danych do odkrycia (National Center for Biotechnology Information Gene Expression Omnibus [NCBI-GEO]) i zestaw danych walidacyjnych (Cancer Diagnosis Program of the National Cancer Instytut [NCI-CDP]). Związek pomiędzy ekspresją CDX2 a korzyścią z chemioterapii adjuwantowej został przetestowany w zbiorczej bazie danych 669 pacjentów z chorobą II stadium i 1228 pacjentów z chorobą stopnia III z czterech niezależnych zestawów danych (NCBI-GEO, NCI-CDP, National Surgical Adjuvant Breast and Bowel Projekt [NSABP] C-07 w wersji próbnej [NSABP C-07] i Baza danych mikromacierzy tkanki Stanford [TMAD]).
Ten test przesiewowy pozwolił nam zidentyfikować czynnik transkrypcyjny 2 homeoboksa typu kociego (CDX2) jako kandydata na biomarker dojrzałych tkanek nabłonka okrężnicy. Korzystając z analizy podgrup obejmującej retrospektywne kohorty pacjentów, oceniliśmy związek tego biomarkera z 5-letnim przeżywaniem wolnym od choroby i skorzystaliśmy z chemioterapii uzupełniającej u pacjentów z rakiem okrężnicy (Figura 1).
Metody
Analiza bioinformatyczna baz danych macierzy ekspresji genów
Poszukiwaliśmy genów, które spełniły X-ujemny implikuje zależny od ALCAM związek Boolean w zbiorze 2329 eksperymentów z ludzkimi układami ekspresji genów okrężnicy (ryc. S1 w Dodatkowym dodatku 1, dostępny z pełnym tekstem tego artykułu na). Kolekcja została pobrana z repozytorium Genebaion Omnibus (GEO) National Center for Biotechnology Information (NCBI) (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo). Wyszukiwanie przeprowadzono przy użyciu oprogramowania BooleanNet20 z fałszywym współczynnikiem odkrycia mniejszym niż 0,0001 jako punktem odcięcia dla wyników dodatnich (ryc. S2 w dodatku uzupełniającym 1). Geny kandydatów uszeregowano zgodnie z dynamicznym zakresem ich poziomów ekspresji (ryc. S3 w Suplemencie Dodatkowym 1).
Związek między poziomami ekspresji CDX2 a innymi cechami molekularnymi, takimi jak niestabilność mikrosatelitarna i mutacje TP53, badano w kolekcjach ad hoc z przypisaną odpowiednią informacją po stratyfikacji próbek nowotworu do grup CDX2-ujemnych i CDX2-pozytywnych za pomocą algorytmu StepMiner25 ( Rys. S4 i S5 w Uzupełniającym dodatku 1). Związek między poziomami ekspresji mRNA RNA (mRNA) a poziomami ekspresji mRNA ALCAM i przeżyciem wolnym od choroby został przetestowany w zestawie danych o odkryciu 466 pacjentów
[patrz też: RTG panoramiczne, laserowe obkurczanie pochwy, leczenie chrapania warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: laserowe obkurczanie pochwy leczenie chrapania warszawa RTG panoramiczne